無菌包装システムというのは、殺菌剤で殺菌した容器に加熱殺菌された食品を無菌室の中で、充填・包装をするそうです。これは容器内の微生物をゼロにすることによって、常温で長期間、保存・流通を可能にすることができる包装だそうです。これをアセプティック包装ともいうそうです。
無菌包装は、人体に有害な菌のなかでも、もっとも耐熱性のあるボツリヌス菌を死滅させてから、無菌状態で充填・包装することで、缶詰と同じように長期保存ができるそうです。
おもに乳・乳飲料、コーヒー飲料、コーヒーミルク、茶飲料、果汁飲料、スープ類に用いられるそうです。
無殺菌の包装容器を包装機械内で過酸化水素、過酢酸などの薬剤を用いて殺菌して、あらかじめ殺菌された食品を無菌室で充填、熱封緘して製品を作るそうです。
この包装機械は、フィルムや容器を供給し薬剤殺菌をして、充填シールする一貫したインライン包装機械が多いそうです。これらは遠隔操作されているそうです。
また、無菌包装は充填前に殺菌するので、前殺菌法と言われているそうです。
レトルト殺菌は袋や缶に充填した後で殺菌するため、後殺菌法といわれるそうです。
紙容器（屋根形）……LL牛乳、乳飲料・コーヒー飲料など。
紙容器（ブリック形）……LL牛乳・コーヒー飲料など
プラスチック容器……成形・充填・封緘機で生産されたコーヒーミルクなど。
紙缶（円筒形）……乳飲料・コーヒー飲料・スープ類など。
カップ類……カップ供給式充填・包装機で生産されたデザートなど。
プラスチック袋類……乳製品・めんつゆなど。
BIB……業務用乳製品・スープなど。
延伸PETボトル……茶類・コーヒー飲料など。
延伸PETボトルは高温で成型されるということで、殺菌と同じ効果になるそうです。